Silikonikatetreja käytetään laajalti kliinisessä lääketieteessä, pääasiassa virtsaamisvaikeuksien, virtsan pidättymisen tai leikkauksen jälkeisen katetroimisen yhteydessä. Väliaikainen katetrointi soveltuu potilaille, joilla on akuutti virtsanpidätys. Aseptisissa olosuhteissa katetri työnnetään virtsaputken kautta virtsarakkoon helpottamaan virtsan nopeaa valumista. katetrointiaika ei yleensä ylitä 24 tuntia. Kestokatetrointia käytetään potilaille, joilla on pitkäkestoinen -virtsatiehäiriö, kuten neurogeeninen virtsarakko tai pitkälle edennyt hyvänlaatuinen eturauhasen liikakasvu. Sen kiinnittämiseen rakkoon käytetään ilmapallolla varustettua silikonikatetria, mikä vaatii päivittäistä virtsaputken aukon puhdistamista ja virtsankeräyspussin säännöllistä vaihtoa.
Virtsarakon huuhtelu sisältää lääkkeiden, kuten suolaliuoksen tai antibioottiliuosten, injektoinnin virtsarakkoon katetrin kautta kystiitin hoitamiseksi tai verihyytymien tukkeutumisen estämiseksi. Toimenpide vaatii alhaista-painetta, hidasta kastelua ja tiukkaa aseptista tekniikkaa. Virtsaputken dilataatiota käytetään potilailla, joilla on virtsaputken ahtauma, jolloin katetrin halkaisija kasvaa asteittain virtsaamisen parantamiseksi; tämän saa suorittaa pätevä lääkäri. Postoperatiivinen drenaatio on yleistä urologisen leikkauksen jälkeen. Katetria käytetään virtsan erittymisen seuraamiseen ja virtsarakon paineen vähentämiseen; viemärijärjestelmä on pidettävä suljettuna. Silikonikatetreilla on sileä pinta, hyvä biologinen yhteensopivuus ja vähäinen virtsaputken limakalvon ärsytys, joten ne soveltuvat pitkäaikaiseen -kestokatetrointiin.
